อนาคตอันไกลโพ้น 5012. การรุกรานโลกทางอากาศอย่างกะทันหันโดย เอเลี่ยน และผลงานของพวกเขา แมชชีนไลฟ์ฟอร์ม นำพามนุษยชาติไปสู่จุดสิ้นสุดของการสูญพันธุ์ จำนวนมนุษย์ที่รอดชีวิตซึ่งลี้ภัยบนดวงจันทร์เพื่อจัดการตอบโต้โดยใช้ทหาร NieR Automata  เพื่อยึดโลกกลับคืนมา อย่างไรก็ตาม สงครามดำเนินมาถึงทางตันเมื่อ Machine Lifeforms ยังคงเพิ่มจำนวนอย่างไม่มีที่สิ้นสุด ในทางกลับกัน มนุษยชาติใช้ทหารหุ่นยนต์หน่วยใหม่เป็นอาวุธขั้นสูงสุด ที่เพิ่งถูกส่งมายังโลก 2B เข้าร่วม 9S ปัจจุบันนักวิเคราะห์ประจำการอยู่ที่นั่น ซึ่งท่ามกลางภารกิจของพวกเขา พวกเขาได้พบกับปรากฏการณ์ลึกลับมากมาย เนียร์ ออโตมาตา นี่คือเรื่องราวของ ที่ไร้ชีวิตเหล่านี้และการต่อสู้ที่ไม่มีที่สิ้นสุดเพื่อมนุษยชาติ