รุกะ เด็กสาวมัธยมต้นที่ มีปัญหากับเพื่อนร่วมชมรมแฮนด์บอลตั้งแต่วันแรกของวันหยุดฤดูร้อน รุกะจึงไปที่อควาเรียมที่เป็นที่ทำงานของพ่อ ในขณะที่เธอกำลังยืนอยู่หน้าอควาเรียมขนาดใหญ่ที่เต็มไปด้วยฝูงปลาเธอก็ได้พบกับพี่น้องปริศนา อุมิ และ โซระ “พวกเขาถูกเลี้ยงดูโดยฝูงพะยูน” พ่อของรุกะบอกเธอแบบนั้น รุกะ อุมิ และ โซระ มีความสามารถสื่อสารกับสิ่งมีชีวิตในทะเลได้ ในเวลาเดียวกันก็มีอุกกาบาตตกลงมา และเกิดปรากฏการที่ปลาหายไปจากท้องทะเล Children of the Sea ทั้งสามจึงร่วมมือกันออกผจญภัยไปในโลกใต้สมุทร เพื่อปกป้องเหล่าสัตว์น้ำจากมหันตภัย