“เมืองแห่งการศึกษา” นครขนาดใหญ่ทางตะวันตกของกรุงโตเกียว มีประชากรกว่า 2,300,000 คน โดยกว่า 80% เป็นนักเรียน ที่นี่มีหลักสูตรพิเศษในการวิจัยและพัฒนา “พลังพิเศษ” ซึ่งแบ่งระดับความสามารถออกเป็น 6 ขั้น ตั้งแต่ “เลเวล 0 ผู้ไร้ความสามารถ” ไปจนถึง “เลเวล 5 ผู้มีพลังพิเศษ” เบื้องหน้าคือสถาบันในฝันอันสงบสุขที่เต็มไปด้วยวิทยาการล้ำยุค Toaru Anbu no ITEM ไอเทม ปฎิบัติการลับด้านมืด ทว่าเบื้องหลังกลับมีองค์กร “หน่วยลับ” คอยรับงานเงามืดอันแปดเปื้อนที่ไม่อาจเปิดเผยได้อยู่ หนึ่งในนั้นคือ “ไอเท็ม” หน่วยหัวกะทิซึ่งประกอบด้วยสาวน้อย 4 คน ได้แก่ “คินุฮาตะ ไซไอ” ผู้ควบคุมไนโตรเจนเพื่อการป้องกันดั่งเหล็กกล้า “เฟรนด้า เซเวลลุน” ผู้ใระเบิดและกับดักปั่นป่วนในการต่อสู้ “ทาคิสึโบะ ริโค” ผู้สามารถแกะรอยและตรวจจับคลื่นพลังพิเศษอันแผ่วเบา และ “มุกิโนะ ชิซึริ” สาวน้อยหนึ่งในเจ็ดผู้มีพลังพิเศษ “เลเวล 5” ระดับสูงสุดแห่งเมืองแห่งการศึกษา การพบพานของพวกเธอได้ชักนำไปสู่ความมืดมิดที่ลึกล้ำยิ่งกว่าสิ่งใด นี่คือเรื่องราวชีวิตประจำวันและสายสัมพันธ์ของเหล่าสาวน้อยผู้มีพลังพิเศษ อันเปี่ยมไปด้วยความรุนแรง นอกรีต และตระหนักถึงบาป ท่ามกลาง “เงามืด” อันลึกล้ำ!